Een waterstofauto is een volledig elektrische auto. Bij een normale elektrische auto wordt elektriciteit opgeslagen in een accupakket. De elektromotor zet die elektrische energie om in mechanische energie, waarmee de wielen worden aangedreven. Een waterstofauto haalt zijn energie niet uit een accupakket, maar uit waterstof.
Onder de motorkap van een waterstofauto ligt geen verbrandingsmotor, maar een brandstofcel. Deze brandstofcel laat de waterstof uit de opslagtanks onder de auto reageren met zuurstof uit de buitenlucht. Bij deze chemische reactie komt elektriciteit vrij, die door een elektromotor wordt omgezet in mechanische energie.
Een waterstofauto heeft een aantal grote nadelen. Op de eerste plaats is er nog nauwelijks een infrastructuur van waterstoftankstations aanwezig. Mede daardoor is er ook nog weinig keuze aan beschikbare waterstofauto's. Ook is voor de productie van de brandstofcel veel platina nodig. Waterstof moet onder zeer hoge druk (circa 700 bar) in de opslagtanks van de auto worden opgeslagen, wat een zeker veiligheidsrisico met zich meebrengt.
Waterstof als brandstof heeft ook grote voordelen. De belangrijkste: waterstofauto's stoten alleen water uit en geen schadelijke stoffen. Daarnaast kan een waterstofstofauto net zo snel worden volgetankt als een auto met een verbrandingsmotor. Ook is de actieradius van waterstofauto's groter dan die van gewone elektrische auto's. En doordat een waterstofauto kan volstaan met een accu in plaats van een accupakket, is de productie op dit punt veel minder milieubelastend.